Бельгия страна довольно небольшая и Брюссель всё-таки предпочтительнее, так как он является центром, в том числе и транспортным, оттуда можно добраться напрямую до таких городов как Брюгге, Гент, Льеж Антверпен, Люксембург ( я имею ввиду у город). Выбор отелей, хостелов и прочего удобного сервиса для туриста там необычайно велик, пусть даже он временами кажется через чур людным и суетливым. Одним словом там развита культура туризма.
Как альтернативу можно рассматривать так же город Гент — он тише провинциальнее и добраться без пересадок до какого-нибудь другого города в Бельгии из него можно не всегда, а если и можно то путь будет длиннее, чем из Брюсселя.